Para el cumplimiento de su misión, sus objetivos y el cabal desarrollo de las competencias y funciones dadas por la norma que lo crea, el Programa Presidencial de Lucha Contra la Corrupción está a cargo de un Director quién se apoya en sus asesores y contratistas.

A continuación se presenta la estructura organizacional del Programa Presidencial de Modernización, Eficiencia, Transparencia y Lucha contra la Corrupción.