Con el fin de propiciar una adecuada coordinación y colaboración de estas entidades en materia de lucha contra la corrupción la Ley 190 de 1995 crea la Comisión Nacional de Moralización, integrada por: “1. El Presidente de la República; 2. El Ministro de Gobierno; 3. El Ministro de Justicia y del Derecho; 4. El Procurador General de la Nación; 5. El Contralor General de la República; 6. El Presidente del Senado; 7. El Presidente de la Cámara de Representantes; 8. El Fiscal General de la Nación; 9. El Presidente de la Corte Suprema de Justicia, y 10. El Defensor del Pueblo”. (Ley 190 de 1995, Art. 68).

Tras su creación, la Comisión Nacional de Moralización se vería sometida a varias reformas de tipo reglamentario: Durante el gobierno del Presidente Ernesto Samper, a través del Decreto Ley 1681 de 1997, se fusiona la Comisión Nacional Ciudadana para la lucha contra la corrupción con la Comisión Nacional para la Moralización (Art. 1) y se indica que para todos los efectos legales la Comisión Nacional para la Moralización sustituirá a la Comisión Ciudadana (Art. 3).  

Por su parte el gobierno de Andrés Pastrana, mediante Decreto 978 de 1999, reestructuró la Comisión Nacional de Moralización, la instituyó como organismo adscrito a la Presidencia de la República, y la dividió, para su operación, en dos subcomisiones: Subcomisión Institucional y Subcomisión Ciudadana (Art. 2). 

La mencionada norma indicaba que la Subcomisión Institucional estaría integrada por: “1. El Presidente de la República; 2. El Vicepresidente de la República; 3. El Ministro del Interior; 4. El Ministro de Justicia y del Derecho; 5. El Procurador General de la Nación; 6. El Contralor General de la República; 7. El Fiscal General de la Nación; y 8. El Presidente del Consejo Superior de la Judicatura” (Art.3) .

Respecto a la Subcomisión Ciudadana, la norma señalaba que estaría integrada por doce (12) comisionados, representantes de distintos tipos de gremios y organizaciones sociales (Art.6)  Se establecía además que la Secretaría Técnica de la Comisión Nacional para la Moralización y de las dos subcomisiones, sería ejercida por el Programa Presidencial de lucha contra la corrupción (Art. 13). 

En el año 2011 el nuevo Estatuto Anticorrupción –Ley 1474- retoma la figura de la Comisión Nacional de Moralización como una instancia integrada por las cabezas de las ramas del poder público y los organismos de control, separada de la figura -también rediseñada por el Estatuto- de la Comisión Nacional Ciudadana para la lucha contra la corrupción (Ley 1474 de 2011, Art. 62 al 71). 

La nueva Comisión Nacional fue instalada el 6 de marzo de 2012 y ha concentrado sus esfuerzos en cuatro temas específicos: 1) La formulación y aprobación de la Política Pública Integra Anticorrupción, 2) La revisión de los avances del proyecto de Ventanilla Única de Denuncias, 3) La revisión de los avances del proyecto del Observatorio de Transpare​ncia y Anticorrupción y 4) El seguimiento y construcción de lineamientos para las Comisiones Regionales Moralización. 

En la primera reunión de la Comisión Nacional, celebrada el 06 de marzo de 2012, se expuso la creación de la PPIA, y se organizó la  Hoja de Ruta que tendría el proceso y su forma de construcción, a través de un documento CONPES, con el propósito de definir responsables, recursos, metas e indicadores de evaluación. 

Este proceso de construcción de la PPIA  el 14 de marzo de 2012 en el taller “Hacia la construcción de una Política Integral Anticorrupción” organizado por la Presidencia de la República, la Unión Europea,  el Centro de Recursos Anticorrupción U4 y las Agencias de Cooperación de Suecia, Canadá, Reino Unido y Alemania.

Por sugerencia del  señor Presidente de la República, las entidades que integran la Comisión designaron un funcionario para acompañar de forma permanente la construcción de la política.

Finalmente, y después de un año de trabajo, la Comisión Nacional de Moralización aprueba las líneas estratégicas de la PPIA el 6 de marzo de 2013, tras lo cual se procedería a la promulgación del Documento CONPES 167.

​Observatorio de Transparencia y Anticorrupción

En el año 2012, se inicia el proyecto para implementar el Observatorio de Anticorrupción y de Integridad, el cual estaría en cabeza de la Procuraduría General de la Nación. El proyecto, después de ser avalado por el señor Presidente de la República, Juan Manuel Santos, en reunión de la CNM, entró en operación en julio de 2012. Para septiembre del mismo año, el observatorio fue entregado a la Secretaría de Transparencia, fecha desde la cual esta entidad se encarga de su administración y operación. 

El proyecto fue diseñado con el objetivo de generar insumos para que tanto las entidades del Estado (nacionales y territoriales), como las instancias de la sociedad civil, el sector privado, el mundo académico, la comunidad internacional y la ciudadanía en general, tengan mayores y mejores elementos para la toma de decisiones en la implementación de políticas públicas eficaces en materia de lucha contra la corrupción y promoción de la integridad. En la primera etapa la Procuraduría logra avanzar en la generación de indicadores sobre el número de sanciones penales, disciplinarias y fiscales por municipios y departamentos, además de construir una herramienta web que permite a la ciudadanía hacer cruces y generar comparaciones entre estos datos. En esta primera etapa se incorpora también al Observatorio el Índice de Gobierno Abierto –IGA-, el cual recoge la información de todos los municipios y departamentos sobre el cumplimiento de normas anticorrupción.  

A partir del año 2013 la Secretaría de Transparencia pone en marcha una nueva fase del Observatorio, orientada al fortalecimiento de sus indicadores y al posicionamiento de su trabajo a nivel nacional. Con el propósito de mejorar la calidad de la información a partir de la cual se calculan los indicadores de sanciones fiscales y contractuales del Observatorio, se inicia un trabajo de articulación interinstitucional encaminado a explorar los sistemas de información de la Auditoría General de la República y del Registro Único Empresarial y Social –RUES- de la Confederación de Cámaras de Comercio –CONFECÁMARAS. Se encuentra que la información de la Auditoría General puede complementar de forma adecuada los datos entregados por el SIRI de la Procuraduría General de la República para el cálculo de las sanciones fiscales en el país. En el mismo sentido se encuentra que la información recopilada por el RUES sobre las sanciones y multas impuestas a contratistas, servirá también para complementar los datos entregados por el SIRI sobre sanciones contractuales. Se inicia la construcción de un protocolo para el intercambio de información con estas dos entidades. 

Se adelanta un estudio técnico y metodológico que permite la construcción, implementación y actualización de seis nuevos indicadores compuestos de transparencia y anticorrupción para el Observatorio:

• Indicador de cumplimiento de las Comisiones Regionales de Moralización.
• Indicador de Cultura de la Legalidad.
• Indicador de  Rendición de Cuentas
• Indicador de Mapas de Riesgo de Corrupción
• Indicador de oferta y demanda de información pública
• Indicador  de Transparencia en el sector privado. 

Se avanza también en el diseño metodológico de una nueva batería de indicadores orientados a monitorear los avances de los objetivos, estrategias y acciones de la Política Pública Integral Anticorrupción. Esta herramienta permitirá a la ciudadanía y las entidades contar con un tablero de control para medir los logros en cada uno de los cinco ejes de la política.

Trabajo en el sector salud

Para mitigar riesgos de corrupción en el sector salud, desde la Comisión Nacional de Moralización se presentaron una serie de recomendaciones, las cuales se han venido implementando e incluyen temas como la eliminación de 23 tramites en el sector, de los cuales 14 presentaban riesgos de corrupción (Decreto 2106 de 2019), se reguló el precio de 770 medicamentos, generando un ahorro aproximado al sistema de $340 mil millones (Circular 10 de 2020 por parte del Ministerio de Salud y Protección Social), se fijaron precios máximos o techos presupuestales para eliminar los recobros en el sistema (Resoluciones 205 y 206 de 2020, por parte del Ministerio de Salud y Protección Social) y se están produciendo cruces de información,  entre la Administradora de Recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud –ADRES con la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales – DIAN y Migración Colombia, para depurar el régimen subsidiado de salud y garantizar que las personas que se encuentren en este régimen, sean las que realmente lo necesitan.